LINE使ってますか？
LINE 絵文字 送れない
LINE キャリア 絵文字
などで検索される方が結構多い様です。
今のところ、LINEにはキャリアのメールサーバーの様な、SoftBankとauとdocomoのそれぞれの絵文字を相互に変換してくれる仕組みが無いようで、基本はキャリアの絵文字、つまり、ケータイメールで使っている絵文字は送っても相手には見えません。
ケータイメールでは、確か、受信側のキャリアのメールサーバーが変換してくれます。SoftBankからdocomoに送ると、docomoがSoftBankの絵文字をdocomoの絵文字に変換してくれます。
逆かもしれませんが。いずれかです。
例外は、送信者、受信者共に同じキャリアを使っている場合です。SoftBank同士では絵文字が使えることを確認済みです(^-^)
2013/7/4 追記
iPhone同士なら、SoftBankとauのやり取りでも、絵文字が使えるようですよ(^ ^)
検証環境：SoftBank iPhone 5（iOS6.1.4）
